Willibald Guggenmos erhielt bereits im Alter von 10 Jahren seine erste Anstellung als Organist in seiner Heimatgemeinde Dasing/Bayern. Das Musikstudium absolvierte er an den Hochschulen für Musik in Augsburg und München (Konzertdiplome in Klavier, Orgel, Meisterklassendiplom, Kirchenmusik A und Musikpädagogik).
Von 1984 bis 2001 war er Organist an der St. Martinskirche in Wangen/Allgäu. Dort betreute er ein umfangreiches Musikprogramm, wie zum Beispiel die „Internationalen Orgelkonzerte an St. Martin“ mit Gastorganisten aus aller Welt und dirigierte Oratorienaufführungen.
Im Jahre 1985 spielte er das gesamte Orgelwerk von Johann Sebastian Bach in 11 Konzerten. In den folgenden Jahren folgten Gesamtaufführungen der Werke von César Franck, Léon Boëllmann, Franz Liszt, Felix Mendelssohn-Bartholdy, Wolfgang Amadeus Mozart, Johannes Brahms, Maurice Duruflé, Johann Gustav Eduard Stehle, sowie den großen Orgelwerken von Max Reger, Marcel Dupré und Olivier Messiaen.
Von 2001 bis 2004 war er als Kirchenmusiker und Organist am Dom „Zu unserer lieben Frau“ in München tätig.
Ab 2004 bis 2023 war Willibald Guggenmos Domorganist an der Kathedrale in St. Gallen (Schweiz), wo er höchst erfolgreich die „Internationalen Domorgelkonzerte“ organisierte und durchführte.
Seit 2023 ist er Leiter des Internationalen Orgelfestivals Augsburg.
Als Organist konzertierte Willibald Guggenmos in nahezu allen Ländern Europas, in Island, Russland, USA, Südamerika, Kanada, Fernost, Australien, Neuseeland, China und den Westindischen Inseln. Er gastierte u.a. in den Kathedralen von London (St. Paul’s), Paris (Notre Dame), Wien (Stephansdom), Trondheim (Nidarosdom), Sevilla (Kathedrale), St. Albans, Dresden (Frauenkirche, Kathedrale, Kreuzkirche), Hamburg (St. Michaelis, Mariendom), Budapest (St. Matthias) und Turku.
Die Presse lobt die Farbigkeit seiner Konzertprogramme und bescheinigt ihm „überragende Technik und hinreißende Musikalität“ (Bernhard Holland, Chefkritiker der „New York Times“). Zahlreiche Rundfunk-, Fernseh- und CD-Aufnahmen an bedeutenden Instrumenten (unter anderen an der Goll-Orgel der Stiftskirche Engelberg/Schweiz, Kathedrale St. Gallen/Schweiz, der Cavaille-Coll Orgel in Azcoitia/Spanien und der legendären William Hill Orgel der Townhall Sydney/Australien) dokumentieren sein breit gefächertes Repertoire.